En 1954, au Nouveau-Mexique, le désert d'Alamogordo devient le théâtre de meurtres inexpliqués qui intriguent le FBI. Le shérif Ben Peterson mène une enquête qui débouche sur un nid de fourmis géantes nées de tests nucléaires expérimentés par les Etats-Unis des années auparavant. La nourriture s'amenuisant dans leur zone de vie, les fourmis se dirigent vers la ville à la recherche de nouvelles proies.